洁净车间工程的内部装修要求房间围护结构的空气密封性好，房内无卫生死角，装修材料表面光洁但不反光、耐压力而不起尘、易于清洁、不易发生霉变和长菌、能够适应各种消毒剂和气体灭菌熏蒸的腐蚀和紫外线照射。净化厂房墙、顶板材一般多采用50mm厚的夹芯彩钢板制造，其特点为美观、刚性强。圆弧墙角、门、窗框等一般采用专用氧化铝型材制造。送回风管道用热渡锌板制成，贴净化保温效果好的阻燃型PF发泡塑胶板。地面可采用环氧自流坪地坪或高级耐磨PVC地板，有防静电要求的，可选用防静电型。高效送风口用不锈钢框架，美观清洁，冲孔网板用烤漆铝板，不生锈不粘尘，宜清洁。减少空气中悬浮粒子的含量和有效地去除已存在的固体微粒子，始终都是制造过程控制的主要内容。
无菌操作区域内的100级洁净区内的空气在其使用点处应经高效过滤器过滤后呈单向流态(层流)输送，流速应满足空气以活塞的方式吹除灌封区内的悬浮粒子的需要。垂直单向流的气流速度为3.5m/s±20%，水平单向流的气流速度为4.5m/s±20%。GMP无菌厂房洁净区一般设置为四个洁净级别区。
A级，高风险操作区，通常用层流操作台(罩)来维持该区的环境状态。层流系统在其工作区域必须均匀送风，风速为0.36-0.54m/s(指导值)。
B级，指无菌配制和灌装等高风险操作A级区所处的背景区域。
C级和D级，指生产无菌药品过程中重要程度较低的洁净操作区。
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